疾控中心實驗室由于檢測項目容易造成交叉污染，因此對于空調系統提出了十分嚴格的規定。它必須具備獨立、靈活、節能的特點。不同的實驗室不得通過空調系統發生空氣交換，各實驗室的空調應具有獨立回風的功能，避免造成交叉污染。對于常用實驗室，每天使用的數量、時間多不統一。這些實驗室使用的不確定因素，導致空調的運行負荷波動較大，因此，希望空調系統具有較好的負荷調節功能。

實驗室加班較多，為了保持實驗過程的連貫性，往往需要超時使用，其工作特性決定了實驗室的使用時間不受正常作息時間的限制，甚至無法通過制訂計劃來預見和安排實驗室的工作時間，尤其在應對突發公共衛生事件時更需要實驗室能夠隨時啟用，因此希望空調系統具有提供小負荷的功能。

有潔凈、恒溫恒濕、負壓等特殊空氣條件要求的實驗室，空氣調節系統宜分別獨立設置；若采取合并系統，應按功能、類別進行歸類組合形成不同的系統單元，各系統單元獨立設置。不同功能類別的實驗室，不得采用公共新風、回風和排風系統，防止不同實驗室的空氣隨回風相互混合，造成交叉干擾。

無特殊要求房間除門窗通風外，可設側墻換氣扇通風，在理化區應多設通風柜及吸氣罩，凡產生有害氣體設備如光譜及色譜分析類設備均應設吸氣罩，設計時應確定位置和高度，并留有發展空間，在化學試劑庫房吸風罩與試劑柜相連，設感應裝置，自動排氣。

所有通風柜的排風系統宜獨立設置，即“一柜一管風機系統”，不宜共用風道，不得借用消防風道。實驗室不宜采用不同實驗室之間空氣交換的中央空調系統，避免造成交叉污染，獨立實驗室可采用單獨空調，單元組合類實驗室可設風機盤管系統或變頻變冷媒流量一拖多系統。