（1）凈化工作臺應安裝在隔離好的無菌間或清潔無塵的房間內，以免塵土過多易使過濾器阻塞，降低凈化效果，縮短其使用壽命。
（2）新安裝的或長期未使用的工作臺，工作前必須對工作臺和周圍環境用真空吸塵器或不產生纖維的工具進行清潔工作，然后再采用藥物滅菌法或紫外線滅菌進行滅菌處理。
（3）使用凈化工作臺前，應先用75％酒精擦洗臺面，并提前以紫外線滅菌燈照射30～50min處理凈化工作區內積存的微生物。關閉滅菌燈后應啟動風機使之運轉兩分鐘后再進行培養操作。
（4）凈化工作區內不應存放不必要的物品，以保持潔凈氣流流型不受干擾。
（5）注意凈化區內氣流的變化，一旦感到氣流變弱，如酒精燈火焰不動，加大電機電壓仍未見情況改變則說明濾器已被阻塞，應及時更換。一般情況下，高效過濾器三年更換一次。更換高過濾器應請專業人員操作，以保持密封良好。粗過濾器中的過濾布（無紡布）應定期清洗更換，時間應根據工作環境潔凈程度而定，通常間隔3-6個月進行一次。
（6）凈化工作臺使用完畢應及時清理工作臺面上的物品并用酒精擦洗臺面使之始終保持潔凈。
（7）凈化工作臺應定期進行功能測試，檢查凈化工作臺各項工作指標是否達到要求，例如進行無菌試驗，定期檢查臺面空氣的潔凈度是否達標。
超凈工作臺的無菌程度檢查超凈工作臺在消毒處理后，無菌試驗前及操作過程中需檢查空氣中菌落數；取直徑約90mm平皿，在超凈工作臺內點燃酒精燈，在酒精燈旁，以無菌操作，將平皿半開注入溶化的營養瓊脂培養基約20ml，制成平板，在30～35℃預培養48小時，證明無菌后將平板3個，以無菌方式帶入超凈工作臺內左、中、右各放一個；打開平皿蓋扣置，平板在空氣中暴露30分鐘后將平皿蓋蓋好，置30～35℃培養48小時，取出檢查，100級清潔度要求：3個平皿上生長的菌落數平均不得超過1個。
